Kubo Won’t Let Me Be Invisible disutradarai oleh Kazuomi Koga (Rent-a-Girlfriend) di studio PINE JAM (Kageki Shojo!!), dengan komposisi seri oleh Yuya Takahashi (Selection Project) dan desain karakter oleh Yochiko Saito (Mushoku Tensei: Sutradara animasi Reinkarnasi Pengangguran). Serial ini tayang perdana pada 10 Januari dengan streaming HIDIVE dalam bahasa Inggris, menggambarkan kisah animenya sebagai berikut.
Siswa sekolah menengah Junta Shiraishi memiliki tujuan yang sederhana—untuk menjalani masa muda yang memuaskan. Namun, mencapai tujuan ini tampaknya lebih sulit dari yang diharapkan, karena semua orang di sekitarnya sering tidak memperhatikannya karena kurangnya kehadirannya. Bahkan, ketidakhadiran Shiraishi begitu parah sehingga orang mengira kursinya di kelas selalu kosong, dan secara keliru berasumsi bahwa dia sering membolos sekolah. Bahkan ada desas-desus aneh yang tersebar di kelas, mengklaim bahwa mereka yang berhasil menemukan Shiraishi akan diberkati dengan keberuntungan untuk hari itu.
Sejauh ini, satu-satunya orang yang menyadari keberadaannya adalah Nagisa Kubo, gadis yang duduk di sebelahnya. Sial baginya, Kubo suka menggodanya setiap hari dan sering menempatkannya dalam situasi yang belum pernah terjadi sebelumnya dan menegangkan. Namun, karena kejenakaan lucu Kubo terus melibatkan Shiraishi yang enggan, dia mungkin segera menemukan bahwa masa mudanya mungkin tidak membosankan seperti yang dia pikirkan.
